В настоящее время флотилия является полноценным ударным соединением Военно-морского флота России. В рамках новых геополитических условий роль и значение КФл возрастает. Главными задачами являются обеспечение национально-государственных интересов России в регионе, противодействие терроризму. Также Правительством Российской Федерации утверждена государственная кораблестроительная программа строительства кораблей для КФл, в рамках которой уже в настоящий момент разработан проект боевых кораблей с учетом специфики Каспия, говорится на сайте Минобороны России.
Более 1 тыс. офицеров, мичманов и прапорщиков флотилии были удостоены правительственных наград. Важные государственные задачи современного периода решают и морские пехотинцы КФл, многие из них награждены государственными и ведомственными наградами.
Одной из задач, стоящих перед КФл, является укрепление боевого содружества и дипломатических взаимоотношений между прикаспийскими государствами. Отряды кораблей КФл неоднократно посещали порты прикаспийских государств и участвовали в совместных учениях с ВМС стран Каспия.
Сегодня в составе КФл свыше 60 кораблей и судов. Большая часть из них –современные образцы. Только за последние годы в состав флотилии вошли малые артиллерийские корабли «Волгодонск», «Махачкала», ракетный корабль «Дагестан», малые ракетные корабли «Град Свияжск», «Углич», «Великий Устюг», противодиверсионные катера «Юнармеец Каспия», «Юнармеец Дагестана», «Юнармеец Татарстана», патрульный катер «П-436».