Семья Ефимовых переехала в Одессу из Смоленска в 1892 году. Несмотря на то, что отец Михаила Никифоровича был крепостным, после переезда на юг он смог устроиться слесарем в Русское общество пароходства и торговли, что позволило отдать трех сыновей Владимира, Михаила и Тимофея в Одесское железнодорожное техническое училище на электромехаников телеграфной связи, что по тем временам было достаточно престижной профессией. При Российской империи двумя важнейшими центрами авиации стали Гатчина и Одесса, где в 1908 году был создан первый аэроклуб.
Все три сына Никифора Ефимова интересовались техникой, а впоследствии стали авиаторами, однако честь стать первым из первых выпала именно Михаилу. Как и любой одесский мальчишка, Михаил в молодости увлекался велоспортом, занимая призовые места и выигрывая международные соревнования. Тем не менее, скорости велосипеда для Ефимова было мало, он мечтал о небе.
Его первое покорение неба произошло в 1909 году. Тогда он поднялся в воздух на планере. Михаилу Никифоровичу очень понравилось ощущение полета, однако даже у такого умелого электрика с неплохой по тем временам зарплатой не было возможности на свою крылатую машину.
Выход из положения был найден благодаря банкиру Ивану Спиридоновичу Ксидиасу, с которым Михаил Ефимов заключил контракт: взамен на средства для обучения летному мастерству за границей он должен был в течении трех лет устраивать развлекательные полеты для зрителей, доходы от которых получал бы банкир.
Его учителем во Франции – родине авиации – стал сам Анри Фарман, который находил способности Ефимова неординарными и выдающимися. Уже в 1910 году, вернувшись в Одессу дипломированным летчиком, он побил рекорд Орвилла Райта по продолжительности полета с пассажиром, а затем выкупил контракт у Ксидиаса на деньги, одолженные у Фармана. Анри Фарман не только помог Ефимову избавиться от бремени работы на банкира, но и дал ему самолет собственной конструкции, тот самый «Farman-IV», на котором он совершил свой первый полет в российском небе.
Таким образом Михаил Никифорович Ефимов стал первым российским авиатором. Он будет принимать участие во многих соревнованиям, выигрывая европейские состязания и поднимая рейтинг России как летной державы. Именно Михаил Никифорович станет первым начальником офицерской школы авиации и будет руководить подготовкой летчиков для Императорской армии.
В период Первой мировой войны Михаил Ефимов, будучи лучшим летчиком Российской империи, добровольно ушел на фронт и служил летчиком-истребителем, мастерски бомбя вражеские позиции. За время боевых действий он стал полным Георгиевским кавалером, а также награжден награждён орденом Святой Анны 3-ей степени с мечами.
Революцию 1917 года Михаил Никифорович застал в Севастополе, будучи флагманским лётчиком гидроавиационной бригады, принял ее с воодушевлением, агитировал военнослужащих переходить на сторону большевиков, а также участвовал в борьбе с восками Белой армии и различными группами несогласных.
Однако в Крыму большевистская революция имела не такой успех, как на континенте. Весной 1918 года Ефимова арестовали. В тюрьме он пробыл около года. Освобожден Ефимов был во время второй попытки большевиков взять полуостров, однако наступление войск Белой армии вынудило их отступить. Выбраться попытался и Ефимов, однако из-за отсутствия самолетов ему пришлось притвориться водителем автоколонны. Когда же топливо закончилось, что произошло в районе города Херсон, Михаил Ефимович отправился в родной город – Одессу – пешком.
В Одессе обстановка оказалось не менее опасной, чем в Крыму. Белогвардейский отряд арестовал Ефимова, после чего его затолкали в шлюпку, вывезли на середину бухты, заявив, что если летчик доберется до берега вплавь, то останется жив. Как только Михаил Ефимов оказался за бортом, его расстреляли прямо в воде. Ему было 37 лет.
Имя первого российского летчика носят несколько улиц, в Одессе в честь Михаила Никифоровича установлено несколько мемориальных досок, в том числе на здании ипподрома, а решением Международного планетного центра в 1988 году его именем названа малая планета №2754.